为了控制洁净车间中新风中的含尘量和含菌量，对于制药工厂的选址应选在大气含尘菌浓度较低，自然环境和水质良好，周围无污染的区域，这是建设医药工业洁净厂房的根本条件，厂区要避开工业集中的地方，远离交通要道和散发大量有害气体的地方。制药洁净车间空调通风系统通常要达到如下条件，带走车间内的余热和余湿，补给车间的热量和湿量，保证车间内的温湿度，这个要求与其他空调系统是一样的，是首要条件。供给洁净车间足量的洁净空气的稀释，过滤车间在生产工程中，人体和工艺产生所污染的空气，让车间的含尘，含菌浓度达到规定要求的洁净等级。满足一定量的洁净空气稀释车间的有害物浓度，在生产过程中所散发的易燃，易爆有机溶液和有害气体，从而保证车间空气中有害物浓度低于规定要求的容许浓度。及时补充洁净车间充分的室外新鲜空气，让车间的空气质量符合人们日常工作所需的卫生标准，根据生产工艺要求，通过送回排风量的不同匹配，保证车间相对于室外或走道一定的正压值以及负压值，控制相邻空间气流和污染物的流向。使用相应的隔离，局部排风等措施，避免生产中产生的粉尘，大量的余热等有害物在车间内扩散，在必要情况下，应设置分离和收集装置，不让车间内排出去的有害物质污染大气，可回收一些部分排风带走的可利用药尘。洁净车间的设计与施工有几个显著特点，科技含量高，施工难度大，新技术和新材料应用广泛，尤其对材料的性能，耐腐蚀性，气密性和施工细节处理要求很高，随着社会的日益发展，已成为一种专业学科，得到广泛应用与研究，在洁净车间生产的产品都象征着它的高品质和高科技。